Assediate dai saraceni, alcune popolazioni della costa tirrenica della Calabria trovarono rifugio tra le montagne silane. Probabilmente si costituì dal 1189 in poi, il primo nucleo del paese formato per lo più da famiglie di contadini che costruirono le loro abitazioni intorno alla Badia. In quest'anno l'Abate Gioacchino da Fiore edificava alla confluenza dei fiumi Arvo e Neto l'ospizio di "Albaneto", con lo scopo di offrire ospitalità ai viandanti. Intorno al monastero si sviluppò la vita e l'economia del paesino, che grazie all'Ordine Florense ottenne alcune concessioni di terre della Sila. Il paese fu retto fino al 1470 dagli abati, in seguito succeddettero Ludovico di S. Angelo, che fu il primo Abate Commendatario, e il Cavalier Luigi de'Medici mentre la Badia fu retta da un Priore.
L'abitato si sviluppò più velocemente a partire dal 1530, quando l'Abate Salvatore Rota avviò alla municipalità l'agglomerato urbano, anche se la nascita ufficiale del casale di San Giovanni in Fiore, sempre ad opera di questo Abate napoletano, è da datarsi intorno al 1536. A seguito della fusione dell'Ordine Florense con quello Cistercense, nel 1633, il paese fu affidato in feudo alla famiglia Rocci sino al 1725 e poi ai Caracciolo di Martina. Il regime feudale permase fino all'800, momento in cui la storia del paese si concentrò sulle lotte contadine atte a porre fine all'usurpazione baronale delle terre.

Sviluppatasi a gradoni sull'altopiano della Sila, presso la confluenza dei fiumi Arvo e Neto, San Giovanni in Fiore mantiene il colore e la suggestione di città medievale nella sua parte antica. La cittadina è il più antico e importante tra i centri dell’altipiano silano ed ha legato il proprio nome a Gioacchino da Fiore, l’abate dallo spirito profetico e noto per le sue esegesi bibliche ricordato da Dante nel Paradiso (XII, 140-1). L`Abbazia Florense, fondata appunto da Gioacchino da Fiore, oltre che elemento di grande valore culturale per i sostenitori del pensiero dell'Abate, costituisce anche la risorsa turistica di maggiore richiamo della comunità silana. In essa sono rinvenibili elementi architettonici originari e opere dell`arte sacra del XVII e XVIII secolo. Da visitare il "Museo demologico della civiltà contadina" e l'Abbazia Florense del XII° sec, fondata da Gioachino da Fiore stesso.